Malostranská základní škola je plně organizovanou základní školou; je fakultní školou Pedagogické fakulty Univerzity Karlovy. Výuka probíhá ve dvou budovách.

V budově v Karmelitské ulici č.11 probíhá výuka žáků prvního až pátého ročníku, v budově v Josefské ulici výuka žáků šestého až devátého ročníku.